Appena costruita, la chiesa del Pio Monte della Misericordia aveva decorazioni molto semplici. Andrea Falcone e Pietro Pelliccia, dal 1665 al 1672, abbelliscono l’ambiente soltanto con marmi bianchi e grigi, che donano alla chiesa un aspetto uniforme ed essenziale. I marmi rivestono le pareti della chiesa, decorano l’altare maggiore e le sei cappelle laterali, tre a sinistra e tre a destra. Le cappelle conservano anche il pavimento più antico che forse decorava tutta la chiesa con la riproduzione semplificata dello stemma dell’Istituto: sette monti in marmo grigio incastonati nel marmo bianco che si ripetono l’uno accanto all’altro.Nel corso dei primi decenni del Settecento si aggiungono nuovi ornamenti alla chiesa, a cominciare dal pavimento dell’aula centrale, realizzato in mattoni di cotto con decorazioni in marmi bianchi, grigi, rossi, gialli e neri; davanti all’altare principale, subito dopo il gradino di accesso, viene collocato sul pavimento un grande stemma del Pio Monte in marmi di più colori, con le iniziali del motto dell’Ente “Fluent ad eum omnes gentes”, “Tutte le genti affluiscono ad esso”. Anche gli altari sono rivestiti di marmi colorati, con forme che richiamano elementi vegetali come fiori, rami e foglie; le stesse figure di rami intrecciati tornano nei piccoli cancelli in ottone dell’altare principale e dei due altari laterali centrali. Tutte le cappelle e l’altare principale, vengono delimitate dalle balaustrate in marmo bianco e grigio che, con la loro forma traforata, ricordano la lavorazione metallica delle cancellate.

Pienamente inserite in questo contesto decorativo barocco sono le quattro sculture contemporanee che l’artista belga Jan Fabre ha realizzato nel 2019 per la chiesa del Pio Monte. Utilizzando piccoli pezzi di corallo rosso, materiale naturale e vivo, Fabre lavora sul concetto di misericordia: ogni scultura ha alla base un cuore, dal quale nascono e si sviluppano verso l’alto elementi che richiamano forme presenti in alcuni dipinti della chiesa, simboli della ricchezza del sentimento della compassione: la fiaccola, i gigli, la croce di Cristo, la colomba.