La sezione contemporanea, costituita a partire dal 2008, raccoglie opere di artisti viventi che hanno voluto donare i propri lavori al Pio Monte della Misericordia arricchendo così la collezione visitabile. Infatti, la sezione nel 2022 conta ben 60 opere di importanti artisti contemporanei, tra cui Francesco Clemente, Gordon Douglas, Jimmie Durham, Mimmo Jodice, Anish Kapoor, Joseph Kosuth, Jannis Kounellis, Hermann Nitsch, Mimmo Paladino, Michal Rovner, Giberto Zorio, ed è destinata a crescere e ad avere in futuro un nuovo spazio espositivo.

All’importante rassegna Sette opere Per la Misericordia, che costituisce il nucleo più cospicuo delle donazioni, se ne aggiungono tante altre promosse da curatori indipendenti o da associazioni come ART1307 che hanno sostenuto la donazione di opere di altri artisti internazionali, ma anche di artisti napoletani proiettati verso il successo.

Nel 2020 l’ambiente accanto alla biglietteria, ribattezzato Galleria Fronte Strada, è stato destinato anche ad esposizioni di giovani artisti emergenti, i quali, ancora lontani dai luoghi ufficiali dell’arte, hanno l’opportunità di esporre le loro opere e avere occasione di visibilità e di crescita.

Sono inoltre esposte in modo permanente quattro sculture di Jan Fabre, artista fiammingo fra i più rappresentativi della scena artistica contemporanea, che ha creato e ideato anche un’installazione site specific per la chiesa del Pio Monte della Misericordia. Pienamente inserite nelle nicchie laterali della chiesa, le quattro sculture sono state realizzate nel 2019 utilizzando piccoli pezzi di corallo rosso. Ogni scultura ha alla base un cuore, dal quale nascono e si sviluppano verso l’alto elementi che richiamano forme presenti in alcuni dipinti della chiesa, simboli della ricchezza del sentimento della compassione: la fiaccola, i gigli, la croce di Cristo, la colomba.